Niilo Mäki Instituutti on oppimisvaikeuksien monitieteisen tutkimuksen ja kehittämistyön yksikkö. Niilo Mäki Instituutin keskeisenä toiminta-ajatuksena on lasten ja nuorten oppimisesta syrjäytymisen ehkäiseminen mahdollisimman varhaisessa vaiheessa. Tähän pyritään

• Kehittämällä lasten oppimisvaikeuksien ja kehityksellisten häiriöiden diagnostiikkaa ja kuntoutusta sekä niiden tieteellistä tutkimusta.
• Tuomalla oppimisvaikeuksia koskevaa uutta tietoa toisaalta yleiseen tietoisuuteen, toisaalta kohdennettuna eri ammattiryhmien sekä oppimisvaikeuksia kokevien itsensä käyttöön.
• Ylläpitämällä tutkimus-, kehittämis- ja tietopalveluja vammaisjärjestöjen ja oppimisvaikeuksia kokevien ihmisten toiminnan tueksi.
• Kokoamalla kansainvälistä ja kotimaista tietoa ja kehittämällä asiantuntijuutta suomalaisiin palvelujärjestelmiin vaikuttamiseksi.

Niilo Mäki Instituutin toimintaa rahoittaa Raha-automaattiyhdistys toiminta- ja projektiavustuksin. Muita projektien rahoittajia ovat olleet mm. Kela, STAKES, Opetushallitus ja EU. Kehitysyhteistyöhankkeita rahoittaa ulkoasiainministeriö kehitysyhteistyövaroistaan. Koulutusta ja julkaisutoimintaa toteutetaan maksupalveluperiaattein. Säätiön kautta on saatu myös lahjoituksia yksityisiltä henkilöiltä. Osa koulutus- ja julkaisutoiminnan tuotosta sekä lahjoitusvaroja käytetään vuosittain apurahoihin ja stipendeihin oppimisvaikeusalalla toimiville tutkijoille.