Hallinto
Niilo Mäki Instituuttia ylläpitää Niilo Mäki Säätiö. Säätiön hallintoelimiä ovat valtuuskunta ja hallitus. Valtuuskuntaan kuuluu puheenjohtaja ja 12 muuta jäsentä, jotka valitaan kolmeksi vuodeksi kerrallaan. Valtuuskunta linjaa säätiön toimintaa ja nimeää säätiön hallituksen vuodeksi kerrallaan. Valtuuskunnan sääntömääräisissä kokouksissa käsitellään mm. toimintakertomus ja tilinpäätös sekä toimintasuunnitelmat.
Niilo Mäki Säätiön hallitukseen kuuluu puheenjohtaja sekä 4-6 jäsentä varajäsenineen. Hallitus vastaa Instituutin taloudesta ja ohjaa ja monitoroi toimintaa. Hallitus kokoontuu kuukausittain.
Niilo Mäki Instituutin toiminnanjohtaja koordinoi toimintaa ja valmistelee esitykset hallitukselle. Toiminnanjohtajan tukena toimii vanhemmista tutkijoista ja koulutuspäälliköstä muodostettu johtoryhmä, jonka keskeinen tehtävä on suunnitella ja valmistella hankkeet.
Samoissa tiloissa ja kiinteässä toiminnallisessa yhteydessä Niilo Mäki Instituutin kanssa toimii Jyväskylän kaupungin perheneuvolan Lastentutkimusklinikka.
Rahoitus
Säätiön perustoiminnan merkittävä rahoittaja on Raha-automaattiyhdistys. Toiminta rahoitetaan pääasiassa eri yhteistyökumppanien kanssa toteutettavien projektien tuotoista sekä järjestettävän koulutuksen ja tuotemyynnin tuotoilla.Kunkin hankkeen yhteistyökumppanit on mainittu hankkeiden esittelyjen yhteydessä. Säätiölle voi antaa myös lahjoituksia.